A ce jour, aucune cause clairement identifiée, n’a été trouvée pour expliquer les causes de la dyscalculie développementale.
Parmi les hypothèses émises pour expliquer la dyscalculie, il est mentionné qu’il existerait une différence du développement des réseaux neuronaux impliqués dans la perception des nombres, liés à des facteurs génétiques et environnementaux.
L’hypothèse d »une contribution génétique, bien que non démontrée, est suggérée par l’observation de la présence de dyscalculie chez les jumeaux homozygotes.
Dans le cas, où un des jumeaux présente une dyscalculie, la probabilité que l’autre aussi, est d’environ 70 %.
D’autres facteurs, comme les facteurs environnementaux seraient impliqués en particulier dans les phases précoces du développement cérébral.
En effet, une fréquence élevée de dyscalculie est observée chez les enfants nés prématurément et chez ceux ayant été exposés pendant la vie fœtale à une intoxication alcoolique de leur mère.